Гёкхан Онер родился в 1972 году в Мерсине. В пятнадцать лет, при поддержке отца, он начал заниматься волейболом в клубе SSK Spor. Уже в сезоне 1988–1989 годов он дебютировал в высшей лиге в составе команды Arçelik.
За свою спортивную карьеру он сменил несколько клубов: Emlak Bankası, Arçelik, Halkbank, Fenerbahçe и Arkas Spor. Именно в Arkas он добился главного успеха — вместе с командой выиграл Кубок Вызова (Челлендж-кубок) Европейской конфедерации волейбола.
С 1990 года Гёкхан выступал за сборную Турции, проведя в её составе более двухсот матчей. В Лиге чемпионов он был признан самым результативным нападающим по проценту реализации атак. На площадке его выделял выдающийся блок.
После завершения игровой карьеры Онер остался в спорте: сейчас он работает помощником главного тренера в клубе Karşıyaka Spor.
